Shiny-приложение, которое позволяет исследовать влияние параметров обработки масс-спектров на количество и положение определяемых пиков.
С помощью приложения MS Spectrum Observer можно визуально исследовать масс-спектрометрические профили и оценивать влияние параметров на то, какие пики определяются в профиле в результате обработки.
В папке archive приведены примеры файлов в формате netCDF, содержащих масс-спектрометрические профили, полученные с двух масс-спектрометров:
- Thermo LTQ XL Orbitrap ETD (Thermo Fisher Scientific, San Jose, CA, USA)
- Thermo Finnigan LTQ FT Ultra (Thermo Fisher Scientific, San Jose, CA, USA)
При проведении масс-спектрометрического исследования, в ходе которого были получены данные файлы, производилось переключение режима сбора ионов, временные параметры каждого из режима описаны в соответствующих файлах protocol.txt.
Обработка данных масс-спектрометрических профилей производится методами R-пакетов MALDIquant и MALDIquantForeign.
Для построения графиков используются R-пакеты Plotly и ggplot2.