Questo progetto si concentra sull'analisi di QUAST (Quality Assessment Tool for Genome Assemblies), uno strumento ampiamente utilizzato per valutare la qualità degli assemblaggi genomici. L'obiettivo principale è capire come funziona QUAST, come valuta gli assemblaggi genomici e analizzare il codice per comprendere l'implementazione delle sue caratteristiche e metriche principali.
L'analisi ha incluso una revisione dettagliata del codice e l'applicazione di QUAST per valutare diversi strumenti di assemblaggio. Abbiamo esplorato come QUAST valuta i dati genomici, le metriche che utilizza e il ruolo dei genomi di riferimento nel suo processo di valutazione.
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Comprendere QUAST:
- Spiegare come QUAST funziona per valutare gli assemblaggi genomici.
- Descrivere le diverse metriche e gli strumenti che QUAST utilizza per valutare la qualità degli assemblaggi.
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Analisi del codice:
- Esplorazione approfondita dei principali script di QUAST, in particolare lo script
quast.py. - Analisi dettagliata di come QUAST elabora i dati genomici, inclusi come gestisce i contigs, i genomi di riferimento e i dati associati.
- Esplorazione approfondita dei principali script di QUAST, in particolare lo script
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Utilizzo del Galaxy Workflow:
- Sperimentare il funzionamento e le caratteristiche offerte dal Workflow di Galaxy.
Nella sezione deliverables sono presenti la relazione del progetto e la presentazione.
Nella sezione files, invece, sono presenti i necessari per riprodurre il caso d'uso relativo all'utilizzo del Galaxy Workflow, come presentato nella relazione.
A causa della loro dimensione, i due file di sequenziamento, dati in input a Galaxy, non sono forniti direttamente in questa repo, tuttavia sono disponibili per il download qui. Scendere in fondo alla pagina, selezionare i due file (come mostrato nella seguente figura) e cliccare sul nome del file da scaricare o, in alternativa, cliccare su Download All.
