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hzluyali/Automatic-Meningiomas-Segmentation-Based-on-U-shaped-Network

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Automatic-Meningiomas-Segmentation-Based-on-U-shaped-Network

01 文件功能

generate_database.py #将nii文件处理成TCGA-LGG公开数据集格式

br.py #背景去除

data.py #数据读取文件

seg_loss.py #存放损失函数

encoder文件夹中存放编码网络模型

decoder9.py #解码网络,可修改其中第266行中的第二个参数,以选择编码网络

train.py #训练文件,修改26-28行分别修改训练文件路径,测试文件路径以及初始权重

test.py #生成测试集的预测结果,并且输出Dice,敏感度和IOU这三项指标,需修改第24行的权重路径

predict.py #在线预测

02 运行过程

Step 1: 运行python generate_database.py将nii文件转化为TCGA-LGG公开数据集格式

Step 2: 运行python br.py进行颅骨去除从而提高肿瘤区域的比例

Step 3: 运行train.py训练模型

Step 4: 运行test.py评估模型在测试集上的泛化能力,并通过predict.py进行在线测试,实验结果如下所示:

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Tensorflow+keras implementation of MS-Net for meningiomas segmentation

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