pedigree data and notebook

Author: filippob

.gitignore

@@ -53,3 +53,6 @@ rsconnect/
 *.html
 *.pdf
 
+# introduction to animal breeding
+introduction_to_animal_breeding/*/*.pdf
+introduction_to_animal_breeding/*/A.txt

introduction_to_animal_breeding/data/pedigree.txt

@@ -0,0 +1,334 @@
+dog_id	sire_id	dam_id
+DOG_1		
+DOG_2		
+DOG_3	DOG_1	DOG_2
+DOG_4		
+DOG_5	DOG_3	DOG_4
+DOG_6		
+DOG_7		
+DOG_8	DOG_6	DOG_7
+DOG_9		
+DOG_10		
+DOG_11	DOG_9	DOG_10
+DOG_12	DOG_8	DOG_11
+DOG_13		
+DOG_14		
+DOG_15	DOG_13	DOG_14
+DOG_16	DOG_12	DOG_15
+DOG_17	DOG_5	DOG_16
+DOG_18		
+DOG_19		
+DOG_20	DOG_18	DOG_19
+DOG_21		
+DOG_22		
+DOG_23	DOG_21	DOG_22
+DOG_24	DOG_21	DOG_22
+DOG_25		
+DOG_26	DOG_24	DOG_25
+DOG_27	DOG_23	DOG_26
+DOG_28	DOG_20	DOG_27
+DOG_29	DOG_17	DOG_28
+DOG_30		
+DOG_31		
+DOG_32	DOG_30	DOG_31
+DOG_33		
+DOG_34		
+DOG_35	DOG_33	DOG_34
+DOG_36	DOG_32	DOG_35
+DOG_37	DOG_30	DOG_31
+DOG_38		
+DOG_39		
+DOG_40	DOG_38	DOG_39
+DOG_41	DOG_37	DOG_40
+DOG_42	DOG_36	DOG_41
+DOG_43	DOG_8	DOG_11
+DOG_44	DOG_3	DOG_43
+DOG_45	DOG_12	DOG_44
+DOG_46	DOG_42	DOG_45
+DOG_47		
+DOG_48		
+DOG_49	DOG_47	DOG_48
+DOG_50		
+DOG_51	DOG_12	DOG_50
+DOG_52	DOG_49	DOG_51
+DOG_53		
+DOG_54		
+DOG_55	DOG_53	DOG_54
+DOG_56	DOG_23	DOG_55
+DOG_57		
+DOG_58	DOG_56	DOG_57
+DOG_59	DOG_52	DOG_58
+DOG_60	DOG_52	DOG_59
+DOG_61	DOG_334	DOG_342
+DOG_62		
+DOG_63	DOG_61	DOG_62
+DOG_64		
+DOG_65		
+DOG_66	DOG_64	DOG_65
+DOG_67	DOG_63	DOG_66
+DOG_68		
+DOG_69		
+DOG_70	DOG_68	DOG_69
+DOG_71	DOG_67	DOG_70
+DOG_72		
+DOG_73	DOG_64	DOG_72
+DOG_74	DOG_24	DOG_73
+DOG_75		
+DOG_76	DOG_21	DOG_75
+DOG_77	DOG_23	DOG_76
+DOG_78	DOG_74	DOG_77
+DOG_79	DOG_71	DOG_78
+DOG_80		
+DOG_81		
+DOG_82	DOG_80	DOG_81
+DOG_83	DOG_3	DOG_82
+DOG_84	DOG_83	DOG_16
+DOG_85	DOG_335	DOG_343
+DOG_86	DOG_336	DOG_85
+DOG_87	DOG_84	DOG_86
+DOG_88	DOG_87	DOG_45
+DOG_89	DOG_88	DOG_45
+DOG_90	DOG_79	DOG_89
+DOG_91		
+DOG_92	DOG_64	DOG_91
+DOG_93		
+DOG_94		
+DOG_95	DOG_93	DOG_94
+DOG_96	DOG_92	DOG_95
+DOG_97	DOG_3	DOG_95
+DOG_98		
+DOG_99		
+DOG_100	DOG_98	DOG_99
+DOG_101		
+DOG_102	DOG_53	DOG_101
+DOG_103	DOG_100	DOG_102
+DOG_104	DOG_97	DOG_103
+DOG_105	DOG_96	DOG_104
+DOG_106	DOG_79	DOG_105
+DOG_107	DOG_83	DOG_16
+DOG_108		
+DOG_109	DOG_12	DOG_108
+DOG_110	DOG_337	DOG_344
+DOG_111		
+DOG_112	DOG_110	DOG_111
+DOG_113	DOG_109	DOG_112
+DOG_114	DOG_107	DOG_113
+DOG_115	DOG_79	DOG_29
+DOG_116	DOG_114	DOG_115
+DOG_117	DOG_84	DOG_28
+DOG_118	DOG_21	DOG_25
+DOG_119	DOG_92	DOG_118
+DOG_120	DOG_100	DOG_102
+DOG_121	DOG_119	DOG_120
+DOG_122	DOG_117	DOG_121
+DOG_123	DOG_42	DOG_45
+DOG_124	DOG_122	DOG_123
+DOG_125		
+DOG_126		
+DOG_127	DOG_53	DOG_126
+DOG_128	DOG_125	DOG_127
+DOG_129	DOG_64	DOG_72
+DOG_130	DOG_128	DOG_129
+DOG_131	DOG_130	DOG_77
+DOG_132	DOG_84	DOG_131
+DOG_133	DOG_79	DOG_89
+DOG_134	DOG_132	DOG_133
+DOG_135	DOG_122	DOG_105
+DOG_136	DOG_56	DOG_16
+DOG_137	DOG_74	DOG_136
+DOG_138		
+DOG_139	DOG_47	DOG_138
+DOG_140	DOG_338	DOG_345
+DOG_141	DOG_140	DOG_50
+DOG_142	DOG_139	DOG_141
+DOG_143		
+DOG_144	DOG_110	DOG_143
+DOG_145	DOG_142	DOG_144
+DOG_146	DOG_137	DOG_145
+DOG_147	DOG_146	DOG_89
+DOG_148	DOG_135	DOG_147
+DOG_149		
+DOG_150		
+DOG_151	DOG_149	DOG_150
+DOG_152		
+DOG_153	DOG_3	DOG_152
+DOG_154	DOG_153	DOG_346
+DOG_155	DOG_56	DOG_154
+DOG_156	DOG_151	DOG_155
+DOG_157	DOG_87	DOG_45
+DOG_158	DOG_156	DOG_157
+DOG_159	DOG_122	DOG_131
+DOG_160	DOG_158	DOG_159
+DOG_161	DOG_23	DOG_55
+DOG_162	DOG_83	DOG_16
+DOG_163	DOG_161	DOG_162
+DOG_164	DOG_132	DOG_133
+DOG_165	DOG_163	DOG_164
+DOG_166	DOG_93	DOG_347
+DOG_167	DOG_47	DOG_166
+DOG_168		
+DOG_169	DOG_67	DOG_168
+DOG_170	DOG_167	DOG_169
+DOG_171	DOG_142	DOG_170
+DOG_172	DOG_122	DOG_131
+DOG_173	DOG_171	DOG_172
+DOG_174	DOG_132	DOG_133
+DOG_175	DOG_173	DOG_174
+DOG_176	DOG_173	DOG_174
+DOG_177	DOG_173	DOG_174
+DOG_178	DOG_6	DOG_7
+DOG_179	DOG_178	DOG_127
+DOG_180	DOG_128	DOG_129
+DOG_181	DOG_153	DOG_180
+DOG_182	DOG_179	DOG_181
+DOG_183	DOG_83	DOG_16
+DOG_184	DOG_56	DOG_183
+DOG_185	DOG_339	DOG_348
+DOG_186	DOG_185	DOG_85
+DOG_187	DOG_84	DOG_186
+DOG_188	DOG_184	DOG_187
+DOG_189	DOG_182	DOG_188
+DOG_190	DOG_189	DOG_124
+DOG_191	DOG_5	DOG_16
+DOG_192	DOG_74	DOG_191
+DOG_193	DOG_192	DOG_89
+DOG_194	DOG_189	DOG_193
+DOG_195	DOG_189	DOG_193
+DOG_196	DOG_132	DOG_133
+DOG_197	DOG_196	DOG_29
+DOG_198	DOG_197	DOG_116
+DOG_199		
+DOG_200	DOG_340	DOG_349
+DOG_201	DOG_199	DOG_200
+DOG_202		
+DOG_203		
+DOG_204	DOG_202	DOG_203
+DOG_205	DOG_201	DOG_204
+DOG_206	DOG_341	DOG_141
+DOG_207	DOG_74	DOG_350
+DOG_208	DOG_206	DOG_207
+DOG_209		
+DOG_210		
+DOG_211	DOG_209	DOG_210
+DOG_212	DOG_208	DOG_211
+DOG_213	DOG_205	DOG_212
+DOG_214	DOG_56	DOG_16
+DOG_215	DOG_74	DOG_214
+DOG_216	DOG_215	DOG_164
+DOG_217	DOG_216	DOG_133
+DOG_218	DOG_122	DOG_105
+DOG_219	DOG_218	DOG_106
+DOG_220	DOG_146	DOG_89
+DOG_221	DOG_60	DOG_220
+DOG_222	DOG_146	DOG_123
+DOG_223	DOG_60	DOG_222
+DOG_224	DOG_84	DOG_131
+DOG_225		
+DOG_226		
+DOG_227	DOG_225	DOG_226
+DOG_228		
+DOG_229	DOG_97	DOG_228
+DOG_230	DOG_227	DOG_229
+DOG_231	DOG_224	DOG_230
+DOG_232	DOG_92	DOG_118
+DOG_233	DOG_100	DOG_102
+DOG_234	DOG_232	DOG_233
+DOG_235	DOG_3	DOG_26
+DOG_236	DOG_71	DOG_235
+DOG_237	DOG_234	DOG_236
+DOG_238	DOG_231	DOG_237
+DOG_239		
+DOG_240		
+DOG_241	DOG_239	DOG_240
+DOG_242		
+DOG_243	DOG_110	DOG_242
+DOG_244	DOG_241	DOG_243
+DOG_245		
+DOG_246	DOG_245	DOG_243
+DOG_247		
+DOG_248	DOG_247	DOG_226
+DOG_249	DOG_246	DOG_248
+DOG_250	DOG_244	DOG_249
+DOG_251	DOG_134	DOG_250
+DOG_252	DOG_231	DOG_237
+DOG_253	DOG_114	DOG_115
+DOG_254	DOG_253	DOG_29
+DOG_255	DOG_196	DOG_254
+DOG_256	DOG_196	DOG_254
+DOG_257	DOG_231	DOG_195
+DOG_258	DOG_146	DOG_193
+DOG_259	DOG_60	DOG_258
+DOG_260	DOG_60	DOG_90
+DOG_261	DOG_60	DOG_90
+DOG_262	DOG_79	DOG_89
+DOG_263	DOG_262	DOG_46
+DOG_264	DOG_196	DOG_29
+DOG_265	DOG_263	DOG_264
+DOG_266	DOG_148	DOG_195
+DOG_267		
+DOG_268		
+DOG_269	DOG_267	DOG_268
+DOG_270	DOG_269	DOG_157
+DOG_271		
+DOG_272		
+DOG_273	DOG_271	DOG_272
+DOG_274	DOG_52	DOG_273
+DOG_275	DOG_270	DOG_274
+DOG_276	DOG_197	DOG_275
+DOG_277		
+DOG_278		
+DOG_279	DOG_277	DOG_278
+DOG_280		
+DOG_281		
+DOG_282	DOG_280	DOG_281
+DOG_283	DOG_279	DOG_282
+DOG_284		
+DOG_285		
+DOG_286	DOG_284	DOG_285
+DOG_287		
+DOG_288		
+DOG_289	DOG_287	DOG_288
+DOG_290	DOG_286	DOG_289
+DOG_291	DOG_283	DOG_290
+DOG_292	DOG_291	DOG_190
+DOG_293	DOG_262	DOG_46
+DOG_294	DOG_122	DOG_293
+DOG_295	DOG_158	DOG_159
+DOG_296	DOG_60	DOG_295
+DOG_297	DOG_294	DOG_296
+DOG_298	DOG_189	DOG_124
+DOG_299	DOG_291	DOG_298
+DOG_300	DOG_262	DOG_46
+DOG_301	DOG_262	DOG_46
+DOG_302	DOG_60	DOG_301
+DOG_303	DOG_300	DOG_302
+DOG_304	DOG_197	DOG_116
+DOG_305	DOG_148	DOG_304
+DOG_306	DOG_132	DOG_133
+DOG_307	DOG_199	DOG_200
+DOG_308	DOG_307	DOG_204
+DOG_309	DOG_308	DOG_212
+DOG_310	DOG_306	DOG_309
+DOG_311		
+DOG_312	DOG_52	DOG_311
+DOG_313		
+DOG_314	DOG_313	DOG_210
+DOG_315	DOG_312	DOG_314
+DOG_316		
+DOG_317	DOG_52	DOG_316
+DOG_318		
+DOG_319		
+DOG_320	DOG_318	DOG_319
+DOG_321	DOG_317	DOG_320
+DOG_322	DOG_315	DOG_321
+DOG_323	DOG_291	DOG_165
+DOG_324	DOG_259	DOG_159
+DOG_325	DOG_148	DOG_194
+DOG_326	DOG_148	DOG_194
+DOG_327	DOG_148	DOG_194
+DOG_328	DOG_279	DOG_211
+DOG_329	DOG_279	DOG_203
+DOG_330	DOG_201	DOG_329
+DOG_331	DOG_328	DOG_330
+DOG_332	DOG_177	DOG_255
+DOG_333	DOG_177	DOG_255