updated breeding.R + datasets

Author: filippob

introduction_to_animal_breeding/data/height.csv

@@ -0,0 +1,11 @@
+obs;hFather;hMother;midParent;HeightOffspring
+1;184;176;180;184
+2;174;160;167;175
+3;180;170;175;178
+4;171;159;165;172
+5;177;173;175;182
+6;184;175;179.5;181
+7;188;172;180;185
+8;180;164;172;178
+9;178;170;174;179
+10;175;163;169;172

introduction_to_animal_breeding/data/weights.csv

@@ -0,0 +1,13 @@
+n,sire_kg,dam_kg,parent mid-point,kid_kg
+1,9225,9100,9163,9075
+2,8810,8900,8855,8225
+3,9600,9050,9325,9600
+4,9550,9750,9650,8960
+5,9300,8785,9043,8880
+6,8850,8955,8903,8475
+7,10150,9200,9675,9325
+8,10250,9450,9850,9900
+9,9700,10300,10000,9675
+10,9600,9400,9500,8900
+11,11025,10750,10888,9030
+12,10300,8880,9590,9700

introduction_to_animal_breeding/notebooks/breeding.R

@@ -1,11 +1,11 @@
-################################################
-##Esercizi corso animal breeding di base   ##
-################################################
+####################################################
+## Practicals: general intro to animal breeding   ##
+####################################################
 
 library("tidyverse")
 library("data.table")
 
-## Combinazioni ##
+## Combinations ##
 
 n = 10
 k = (n/2)
@@ -52,8 +52,8 @@ sqrt(h2)
 ##########################################
 
 ### PARENT MIDPOINT (example from the slides)
-
-weight <- fread("data/weights.csv")
+base_folder = "/home/filippo/Documents/ciampolini/unipisa_2023/bioinformatics_and_biostatistics_training/introduction_to_animal_breeding"
+weight <- fread(file.path(base_folder, "data/weights.csv"))
 
 x = weight$`parent mid-point`
 y = weight$kid_kg
@@ -89,7 +89,7 @@ se
 
 ### Another dataset #####
 ## height
-height <- fread(file="data/height.csv")
+height <- fread(file=file.path(base_folder, "data/height.csv"))
 
 # midParent #
 x = NULL